Dikota Pati tepatnya di Desa Ngemplak Kidul Kec. Margoyoso Kab. Pati Jl. Pati – Tayu Km. 18 berdirilah suatu lembaga pendidikan Dasar yang bernuansa Islami dengan diberi nama Masdrasah islamiyah/MI, hal ini terjadi sekitar tahun 1963. Proses Belajar Mengajarnya ( KBM ) pada waktu itu selalu tersendat-sendat, bahkan nyaris fakum, katrena pada waktu itu stabilitas keamanan di negara kita Indonesia baru mengalami gangguan dari gerakan anti islam yang mengatasnamakan G 30 S/PKI yang dipimpin oleh Muso dan Aidit, namun berkat kegigihan dan keuletan dari para pendirinya yang antara lain seperti : KH. Moh. Fahrurrozi, KH. Zahwan Anwar, Kyai Muzayyin Haromain, Kyai Maksum, K. Dimyati Mughni, H. Jono, Mbah Masyhud, H. Selamet, H. Sudarno dan lain-lain Madrasah ini masih tetap dapat dipertahankan, sekalipun methode pendidikannya masih bersifat klasik ( ala pesantren ) seperti : sorogan, bandongan, myhafadzohj ( hafalan ) dan lain-lain, serta tempat belajarnya siswa ( santri ) masih menempati rumah-rumah penduduk karena belum memiliki gedung maupun tanah sendiri untuk ditempati. Alhamdulillah sekitar tahun 1965 seorang tokoh terpandang yang tergolong kaya di desa itu yang bernama H. Jono dengan suke rela memberikan wakaf sebidang tanah dengan luas kurang lebih 800 m²  yang tepatnya berlokasi di jl. Pati – Tayu Km. 18, akhirnya pada tahun 1966 secara resmi tanah tersebut mulai di tempati sebuah bangunan dengan 6 kelas parallel yang relative sangat sederhana, karena dinding-dindingnya masih terbuat dari anyaman bambu dan lantainya masih berwujud tanah yang berdebu, serta nama Madrasahnya pada waktu itu juga berganti, dari Madrasah Islamiyah diganti dengan nama Madrasah DarunNajah. Di awali dari Madrasah, sebagai lembaga pendidikan dasar inilah, Darun Najah mulai menampakkan perkembangan yang positif, baik KBM nya maupun sarana prasarananya sehingga mendapatkan perhatian dari masyarakat yang pada umumnya menghendaki agar anak-anaknya mendapat pendidikan agama lebih banyak disbanding di Madrasah umum (SD), bisa mengaji tanpa masuk surau atau pesantren. Berkat kegigihan dan perjuangan dari para pengurus dan kontak positif antara kepala Madrasah dan maupun para guru dengan masyarakat, mulailah Madrasah setapak lebih maju dengan harapan “ HARI INI LEBIH BAIK DI BANDING HARI KEMARIN “  berinovasi serta mengubur sifat takabbur dengan mengutamakan ukhuwah Islamiyah, masing-masing personal di Madrasah berupaya memaksimalkan kerjanya berdasar kemampuannya dengan kiat “ Fastabiqul Khoiroot “. Akhirnya pada tahun 1968 berdirilah Madrasah Tsanawiyah Darun Najah yang system pendidikannya juga masih mengikuti ala salafi ( methode klasik ) sehingga MTs Darun Najah  belum menampakkan kemajuannya.

Sesuai dengan peraturan yang ada  bahwa menyusun perencanaan/program Madrasah untuk jangka waktu yang akan datang merupakan suatu keharusan yang tidak bisa ditawar-tawar lagi, untuk itu Madrasah mencoba menyusun Rencana Kerja Jangka Menengah (RKJM) yang salah satunya diimplementasikan dalam Program/Rencana Kerja Kepala Madrasah (RKKM) untuk jangka satu tahun kedepan, dengan harapan kegiatan-kegiatan rutin Madrasah dan kegiatan-kegiatan pengembangan Madrasah dapat lebih terprogram dan jelas arah tujuannya.